東京電力福島第１原発事故で避難した大熊、浪江両町と南相馬市の住民延べ２千人以上を村内の民宿や旅館で受け入れた。東日本大震災で檜枝岐歌舞伎の開催が危ぶまれたものの、２０１１（平成２３）年４月に新春公演が行われ、村民や避難住民らの心を癒やした。

　１１年７月の新潟・福島豪雨では、道路網の寸断や停電などで村は数日間孤立状態となった。自然災害はその後も続き、１３年２月に地震の影響とみられる大規模な表層雪崩が発生、国道３５２号が約６０メートルにわたり寸断された。１５年２月には最大積雪深が３３９センチに達する大雪に見舞われた。

　１６年４月に「会津の三十三観音めぐり」が日本遺産に登録され、村の石碑や石仏群が構成文化財となった。村は１７年に村政独立１００周年を迎え、節目を祝う歌舞伎が上演されるなど関係者が村勢伸展を誓った。村は１９年ごろから尾瀬国立公園内を通る会津沼田街道（檜枝岐村―群馬県）にスポットを当てた新たな振興策を展開している。